Tras 5 días de filmaciones, los Beatles regresan a los estudios 3 de Abbey Road, con George Martin como productor, para volver a grabar «Your Mother Should Know», a pesar que ya la habían grabado el 22 y 23 de agosto.
Ken Scott hizo su debut como ingeniero de balance para la banda, ya que Geoff Emerick había decidido apartarse. Hasta entonces, Scott solo había sido operador de cintas en varias sesiones anteriores de Los Beatles.
Se registraron once tomas nuevas para la canción, numeradas del 20 al 30. La grabación fue dirigida por Paul McCartney, quien tocó el armonio y cantó una guía vocal en la pista de acompañamiento. Lo acompañaban tambores, bongos y un piano, este último grabado a través de un altavoz Leslie.
La toma 27 se marcó temporalmente como la mejor (es la que aparece en el Anthology 2). La toma 30 también se consideró como una posibilidad, pero finalmente los Beatles desistirían y se quedarían con lo grabado el mes anterior.
Entre las 7pm y las 3:45 de la mañana, se hizo una mezcla mono demo de Blue Jay Way, que luego se llevó Gavrik Losey, asistente del productor de la película Magical Mystery Tour Denis O’Dell.
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